En outre, l'archipel comporte environ 3 000 autres îles, plus petites. Naha, sur l'île d'Okinawa dans l'archipel des Ryūkyū (Ryūkyū rettō en japonais), est située à plus de 600 km au sud-ouest de Kyūshū. Au sud de Tōkyō, l'archipel des Nanpō s'étire sur plus de 1 000 km jusqu'à Iwo Jima. Au nord, les îles de Sakhaline (Karafuto en japonais) et les Kouriles (Chishima rettō qui s'étendent à plus de 1 200 km au nord-est de Hokkaidō), annexées par la Russie quelques jours après la défaite atomique face aux américains en août 1945, sont parfois considérées comme les points extrêmes de l'archipel.
Le Japon est scindé en huit divisions administratives (voire neuf, selon qu'Okinawa est inclus ou non dans le Kyūshū) qui sont (du nord au sud) : Hokkaidō, Tōhoku, Kantō, Chūbu, Kansai (couramment appelé Kinki), Chūgoku, Shikoku, Kyūshū et Okinawa.
Les principales villes (agglomérations) du Japon classées en ordre décroissant d'habitants:
Tōkyō (23 arrondissements spéciaux): 12 millions d'habitants sans les arrondissements
Yokohama : 3,6 millions
Ōsaka : 2,6 millions
Nagoya : 2,2 millions
Sapporo : 1,9 million
Kōbe : 1,5 million
Kyōto : 1,5 million
Fukuoka : 1,4 million
Kawasaki : 1,3 million
Saitama : 1,2 million
Hiroshima : 1,1 million
Sendai : 1 million